酵母雙雜交載體是將待研究的兩種蛋白質(zhì)分別克隆(融合)到酵母表達質(zhì)粒的轉(zhuǎn)錄激活因子(如GAL4等)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(DNA-BD)和轉(zhuǎn)錄激活域(AD)上，構(gòu)建成融合表達載體，從表達產(chǎn)物分析兩種蛋白質(zhì)相互作用的系統(tǒng)。
酵母雙雜交載體的建立是基于對真核生物調(diào)控轉(zhuǎn)錄起始過程的認識。細胞起始基因轉(zhuǎn)錄需要有反式轉(zhuǎn)錄激活因子的參與。
反式轉(zhuǎn)錄激活因子，例如酵母轉(zhuǎn)錄因子 GAL4在結(jié)構(gòu)上是組件式的(modular)，往往由兩個或兩個以上結(jié)構(gòu)上可以分開，功能上相互獨立的結(jié)構(gòu)域(domain)構(gòu)成，其中有DNA結(jié)合功能域(DNA binding domain,DNA-BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(activation domain，DNA-AD)。
這兩個結(jié)合域?qū)⑺鼈兎珠_時仍分別具有功能，但不能激活轉(zhuǎn)錄，只有當被分開的兩者通過適當?shù)耐緩皆诳臻g上較為接近時，才能重新呈現(xiàn)完整的GAL4轉(zhuǎn)錄因子活性，并可激活上游激活序列(upstream activating sequence,UAS)的下游啟動子，使啟動子下游基因得到轉(zhuǎn)錄。
雙雜交系統(tǒng)的建立得力于對真核生物調(diào)控轉(zhuǎn)錄起始過程的認識。細胞起始基因轉(zhuǎn)錄需要有反式轉(zhuǎn)錄激活因子的參與。
80年代的工作表明， 轉(zhuǎn)錄激活因子在結(jié)構(gòu)上是組件式的(modular)， 即這些因子往往由兩個或兩個以上相互獨立的結(jié)構(gòu)域構(gòu)成，其中有DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(DNA binding domain，簡稱為BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(activation domain，簡稱為AD)，它們是轉(zhuǎn)錄激活因子發(fā)揮功能所必需的。
單獨的BD雖然能和啟動子結(jié)合，但是不能激活轉(zhuǎn)錄。而不同轉(zhuǎn)錄激活因子的BD和AD形成的雜合蛋白仍然具有正常的激活轉(zhuǎn)錄的功能。
如酵母細胞的Gal4蛋白的BD與大腸桿菌的一個酸性激活結(jié)構(gòu)域B42融合得到的雜合蛋白仍然可結(jié)合到Gal4結(jié)合位點并激活轉(zhuǎn)錄。
在酵母雙雜交系統(tǒng)中，"誘餌"蛋白X克隆至DNA-BD載體中，表達DNA-BD/X融合蛋白;待測試蛋白Y克隆至AD載體中，表達AD/Y融合蛋白。
一旦X與Y蛋白間有相互作用，則DNA-BD和AD也隨之被牽拉靠近，恢復行使功能，激活報告重組體中LacZ和HIS3基因的表達。